飯田で生まれ植物が身近に
田中芳男は、もともと幕府の家臣ではなかった。天保9年（1839）に田中隆三の三男として飯田城下（長野県飯田市）の千村陣屋（千村役所）で生まれている。飯田（二万石の外様大名の城地）は交通の要衝で信州の小京都といわれ、信濃国の文化・経済の中心地でもあった。
千村陣屋というのは、幕府の旗本（同時に尾張藩の家臣でもある）・千村平右衛門が下伊那地方の榑木（くれき）山（幕府の直轄林）を管理し、周辺の村々から年貢を徴収するために置いた役所のことである。
隆三は、そんな千村陣屋の漢方医として仕えていた。芳男も幼い頃からそんな父と共に野山で多くの植物を採取し、製薬にたずさわっていた。おのずと本草学（今の薬学、博物学）に関心を抱くようになり、自宅の蔵書や近くの市岡家（同じく千村陣屋に勤める知識人）の蔵書などを片っ端から読破し、高度な知識を蓄えていった。
芳男には文輔という兄がいたが、若くして病死したため、17歳で家督を相続することになった。ただ、19歳の安政3年（1856）、父の勧めもあって大都市・名古屋にのぼり、尾張藩の儒者・塚田某から漢学を学び、翌年からは伊藤圭介に師事して蘭学や本草学を習いはじめた。
じつは隆三も長崎に遊学した経験があり、知的好奇心の強い芳男にも、高度な学問を学ばせてやりたいと考えたのかもしれない。
師・伊藤圭介とは？
芳男の師・伊藤圭介は、長崎でドイツ人医師・シーボルトから直接教えを受けた門人の一人である。のちにシーボルトから西洋の顕微鏡や『ターヘル・アナトミア』（ドイツ人医師クルムス著のオランダ語版解剖学書）など、貴重な品々を贈られているので、お気に入りの弟子だったのだろう。
