木原官房長官は、国家安全保障会議終了後の1日未明に会見し、「イラン周辺国を含む地域全体の邦人保護、および海路・空路の状況把握と関係者への情報提供に引き続き万全を期していく」との考えを示した。
2025年6月にアメリカがイランを攻撃した際は、当時の石破首相が「イランの核兵器保有を阻止するという決意を示したものだ」と、アメリカに理解を示す見解を述べたが、今回のイランに対するアメリカの軍事行動への日本政府の立場について問われた木原長官は、「イランによる核兵器開発は決して許されない」などと述べるに留めた。
一方で、イランに滞在している約200人の日本人について、木原長官は「現時点で確認された被害はない」としたうえで、「引き続き邦人保護に万全を期していく」と強調した。
2025年6月に中東情勢が緊迫化した際は、政府が支援してイランからの出国を希望する日本人とその家族21人が陸路で隣国のアゼルバイジャンへ退避したが、今回のイランからの退避ルートについて木原長官は「邦人の安全確保の観点から、お答えを差し控えさせていただく」とした。
今回、アメリカとイスラエルがイランへの攻撃を始めた直後に、自民党総裁として石川・金沢市へ出張して講演を行った高市首相の判断について、木原長官は「出張中も状況については逐次報告をし、総理の指示を受けながら必要な対応をしてきたところであり、出張したこと自体に問題があったとは考えていない」と述べた。